Основные научные направления деятельности кафедры включают изучение аграрной истории России и Европейского Севера, археографии и источниковедения отечественной истории, экономической, политической и военной истории России, археологии Вологодской области. В 1970-1980-е годы преподавателями кафедры были подготовлены и опубликованы 14 томов «Памятников письменности в музеях Вологодской области», 2 тома «Истории северного крестьянства», 12 томов «Северного археографического сборника», многочисленные сборники статей по истории северной деревни.
В 1990-е начинается новый этап научной деятельности кафедры. Создается система воспроизводства кадров высшей квалификации: была открыта аспирантура по специальности «Отечественная история», единственная в ВГПУ докторантура по этой же специальности, диссертационный совет. Профессор М.А. Безнин стал членом докторского диссертационного совета при Ярославском государственном университете. Всего в рамках этой деятельности было подготовлено более 20 кандидатов исторических наук и несколько докторов наук (В.А. Саблин, Т.М. Димони – научный консультант профессор М.А. Безнин).
Целый ряд преподавателей защитили докторские и кандидатские диссертации (М.А. Безнин, А.В. Камкин, М.С. Черкасова, В.А. Саблин, Т.М. Димони, Д.А. Черненко, И.В. Пугач, В.С. Жукова, О.В. Ильина и др.).
В 1990 – 2010-е гг. кафедрой была организована целая серия крупнейших научных мероприятий, кафедра консолидировала усилия в НИР вузов Вологодской области, проведя и серию региональных научных мероприятий:
1992 г. «Крестьянское хозяйство: история и современность». Всероссийская конференция;
1995 г. «Актуальные проблемы археографии, источниковедения и историографии». Конференция, посвященная 50-летию Победы в Великой Отечественной войне. Всероссийская конференция;
2000 г. XXVII сессия Симпозиума по аграрной истории Восточной Европы «Зажиточное крестьянство России в исторической ретроспективе». Международная конференция;
2003 г. «Крестьянство и власть на Европейском Севере России». Межрегиональная конференция;
2004 г. «Европейский Север в судьбе России: общее и особенное исторического процесса»;
2005 г. «1941—1945: уроки войны – уроки правды, мужества и патриотизма»;
2007 г. «Европейский Север России: традиция и модернизационные процессы»;
2008 г. «Русский Север: вариативность развития в контексте исторического и социально-философского осмысления»;
2008 г. XXXI сессия Симпозиума по аграрной истории Восточной Европы «Актуальные проблемы аграрной истории Восточной Европы: историография; методы исследования и методология; опыт и перспективы»;
2010 г. «Власть и общество на Европейском Севере России: исторический опыт и современность»;
2017 г. «Историки. Поколения. Взгляды»
Кафедра активно ведет исследовательскую и издательскую деятельность. В 1991 г. вышла в свет монография М.А. Безнина «Крестьянский двор в Российском Нечерноземье 1950–1965 гг.»; в 1992 г. – монография А.В. Камкина «Православная церковь на Севере России: Очерки истории до 1917 года»; в 2004 г. – монография М.С. Черкасовой «Крупная феодальная вотчина в России конца XVI—XVII в. (по архиву Троице-Сергиевой Лавры). В 2006 г. были подготовлены монографии Т.М. Димони «Деревня Европейского Севера России в 1930-1960-е годы: процессы экономической модернизации», В.А. Саблина «Экономика крестьянского двора на Европейском Севере России в 1920-е годы», в 2007 г. монография В.Б. Конасова «История политических репрессий и пенитенциарные процессы в Вологодском крае (1918 – 1953)», в 2008 г. монография Д.А. Черненко «Землевладение и хозяйственно-демографические процессы в Центральной России XVII—XVIII вв.», в 2009 г. монографии В.А. Саблина «Крестьянское хозяйство на Европейском Севере России 1917 – 1920-е гг.», С.Г. Карпова «Процессы модернизации в российской деревне в последней трети ХХ – начала XXI вв.», в 2010 г. Л.В. Изюмовой «Стратификация колхозной деревни в 1930 – 1960-е гг. (по материалам Европейского Севера России», О.В. Ильиной «Демографические процессы в деревне Европейского Севера России в 1940 – 1950-е гг.», в 2012 г. Л.С. Панова «История нотариата Вологодской области», в 2013 г. – монография Л.С. Панова «Непримиримый Трапезников. Очерк жизни политического деятеля, юриста и краеведа В.Н. Трапезникова», в 2014 г. монография В.С. Жуковой «Материальное положение крестьян Европейского Севера России в 1920-х гг.».
В 2014 г. вышла в свет монография М.А. Безнина и Т.М. Димони «Аграрный строй России 1930-1980-х годов», награжденная Государственной премией Вологодской области по науке и технике. Крупным научным достижением стало издание монографии «История полиции Вологодского края» (2018 г.), костяк авторов которой составили преподаватели кафедры.
Активно развивается краеведческое направление научной работы кафедры. С 1991 г. ведется работа по программе «Старинные города Вологодской области (гл. ред. М.А. Безнин), издано 42 тома серии, в работе находится еще около 10 книг. При кафедре функционирует историко-краеведческая лаборатория. В 2010 г. за учебные пособия «История Вологодского края с древнейшего периода до конца XVIII в.», «История Вологодского края XIX – начала XXI века» коллектив кафедры награжден Государственной премией Вологодской области по образованию. Кроме того, издан комплект материалов для общеобразовательных школ «История Вологодского края с древнейших времен до наших дней»: программа и стандарт данного курса, 4 хрестоматии, пособие для учителей.
Много лет кафедра является держателями исследовательских грантов программы «Университеты России», Российского гуманитарного научного фонда, Российского фонда фундаментальных исследований.
Под руководством преподавателей кафедры отечественной истории развивается научно-исследовательская работа студентов-историков. Они участвуют в различных конкурсах на лучшую научную работу, в научных конференциях - студенческих (ежегодная конференция ВоГУ «Молодые исследователи – региону»), региональных (конференции, посвященная Европейскому Северу) и международных (ежегодная студенческая конференция «Ломоносов» в МГУ), готовят научные публикации.